2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部。最后半推半就地驾驶着泛用人型决战兵器EVANGELION初号机与使徒对抗......

在一栋大楼最底层甦醒的13岁少女，瑞吉儿·加德纳(レイチェル・ガードナー)，她没有任何记忆，不知道自己为何在这里，而为了回到地面，她开始试着逃出去，但是突然在她面前出现了脸上缠满绷带的奇怪男子。两人之间的奇妙羁绊，随着那“荒诞的约定”而逐渐加深。这里究竟是什么地方？两人为何被禁锢于此？等待着两人的命运又是如何？为了从密闭大楼逃出的抱死觉悟之行揭开了序幕。两人最终是否能够坚守约定，并且安全地逃出这栋大楼呢？

高中二年级的春天，菜穗收到了「信」。寄信人是，10年后的自己。最初以为是恶作剧，但信上所写的内容一一在现实中发生，而「信」中也提及了今后会发生的事。自己喜欢上转校生翔的事。以及，在17岁的冬天，翔会去世的事。